手作りヨーグルトの材料となる牛乳は、中性で栄養分も多く開封後は微生物が繁殖しやすい食品です。工場でヨーグルトを製造するときには、清潔でよく整備された環境で乳酸菌は原料に添加されています。それと同等の作業をご家庭で行うのはなかなか困難です。
市販のヨーグルトを種として作っても、ヨーグルトはできますが含まれる乳酸菌が製品と同じくらいに増えることは稀です。
植え継ぎの途中で、元とは違う菌が入り増殖している場合もありますので、使用する器具を熱湯消毒するなど他の菌の混入に充分注意してください。
市販されている種菌を使って作る場合には、温度管理などそのやり方にしたがって行ってください。新しい種菌を都度お使いになることをおすすめします。