ヨーグルトの乳酸菌は生きているので、保存温度が低いほうが発酵の進みが遅く、製造時の新鮮な味を保つことができます。
保存温度は10℃以下で
温度が高いと乳酸菌の活動が活発になって酸度が高くなり、味が酸っぱくなるとともに水分（ホエイ）が分離する原因になります。
ただし微凍結から氷温の温度を有するチルドルーム・氷温室や直接冷気の当たる場所で保存すると凍結する場合があり、ヨーグルトの組織が不安定になります。凍結したヨーグルトを解凍すると、水分（ホエイ）が分離して元の滑らかな組織には戻りません。このような場所を避けて10℃以下の冷蔵庫で保存してください。
振動を加えないで
ヨーグルトに振動を加えると、水分（ホエイ）が出てきます。冷蔵庫で保存するときは、ドアの部分には入れないでください。
ふたはしっかりと閉めて
ふたが開いていると、空気中の雑菌が入り風味が変わりカビが生える原因にもなります。
また、他の乳製品と同様、においを吸着しやすくなります。
